Naruto Uzumaki revient de son entrainement avec Jiraya, Naruto Shippuden est la suite de Naruto 2 ans aprés, Ils ont 15 ans. Kakashi se fera bléssé durant un combat contre Deidara de l'Akatsuki et il va étre obliger de se fair remplacer par un membre de l'ANBU nommé Yamato dont les technique sont mystérieuse car seul le 1er hokage en avait la possibilité, Le remplacant de Sasuke s'apelle Sai, il vient de l'ANBU Racine et n'a aucune émotion sont passe temp est de fair voir un faux sourir sur son visage et d'énerver tout le monde, Naruto et lui ne s'entendent pas du tout. Aprés quelque épisode ont vas se rendre compte que Sai est en faite un traitre dont la mission réel est de tué Sasuke.